STR微卫星(SSR)概述.ppt

?结果分析 A.利用荧光信号随着PCR反应的积累来实时监控PCR反应的进程，并通过分析软件对PCR的反应进行检测分析。 B.分析结果 4.2 STR标记的主要特点 （1）共显性标记，可鉴别出杂合子和纯合子； （2）具有较多的等位性变异； （3）实验重复性好，结果可靠； （4）周期短，包括发芽时间，一般收到样品后8天左右可得结果； （5）无论叶片还是茎杆均可用于检验； （6）技术难度低，一般技术人员经培训就可上岗操作； （7）引物开发比较困难，成本较高。 5. 展望 微卫星DNA的研究近年来已取得了明显进展,但微卫星DNA标记还存在很多问题，如微卫星DNA分子突变机制尚不完全清楚、PCR引物在不同物种间保守性较差、对于不同物种要进行特异性引物设计等，但微卫星DNA仍然是研究当前种内遗传变异中分辨率最高、揭示力最强的核DNA标记。 相信随着微卫星DNA研究的不断深入， 微卫星必将会在各个领域中有着更为广泛的应用。 谢谢各位!! STR (short tandem repeat) Contents 何为STR 1 STR的特点 2 STR的应用 3 STR分子标记技术 4 展 望 5 1、何为STR？ 1.1 STR的发现 真核生物基因组中广泛存在着串联重复序列。 根据重复单位大小的不同，Tautz(1993)将重复序列 分为3类：卫星序列、小卫星序列和微卫星序列。卫 星序列通常存在于异染色质，主要分布在着丝粒区 域。其重复单位达上千个碱基，重复程度可达到 103～107次(Debrauwere et a1．，1997)。与卫星序列 相比，小卫星序列和微卫星序列的重复单位要短，重 复程度也小。对于小卫星序列和微卫星序列的区 分，并没有特别明确的界限。通常将重复单位超过 10或15bp、位点长度约在0.5～100kb的称为小卫 星序列；而那些重复单位只有1～5bp，长度仅为几 百bp的位点称为微卫星序列。二者之间还有一些 过渡类型. 20世纪80年代后期,Marshfield医学研究基金会的James和俄勒冈健康科学大学的Wis等人分离出来一种比小卫星DNA具有更短重复单元的卫星DNA，被称为微卫星DNA（micro satellite DNA），又被称作短串连重复(Short Tandem Repeats, STRs)或简单重复序(Simple Sequence Repeat, SSRs), 每单元长度在1～6bp之间，广泛分布于基因组中，其中富含A-T碱基对。根据重复单元的构成与分布,微卫星ＤＮＡ序列被分为3种类型： 单一型:ATATATATATATATATATATATAT 　　 复合型: ATATATCACACACACACACAC 　　 间断型: ATATATCA ATATATCA ATATATA 1.2 微卫星DNA的构成 每个特定位点的微卫星DNA 中间的核心区:含有一个以上称为“重复”的短序列，一般该重复单位的碱基对数目不变，而串联在一起的重复单位数目是随机改变的 外围的侧翼区：位于核心序列的两侧，为保守的特异单拷贝序列，能使微卫星特异地定位于染色体常染色质区的特定部位 1.3 STR的分布 在基因组中平均50kb就有一个重复序列。据GeneBank等数据库资料统计人类23对染色体上至少分布着7901个STR位点,每对染色体的STR位点分别超过100个,其中1、2号染色体的位点均超过600个,性染色体上的已知位点数在264个以上,随着人们对STR的进一步研究,其数目还会不断增加。 1.4 STR突变的可能机制 目前认为滑链错配是短串联重复序列突变的主要机制。 在DNA复制合成的过程中，新生链和模板链之间在微卫星重复区域可能发生错配，使得一个或者几个重复单位形成环状，未能参与配对。如果未配对的重复单位位于新生链，则最终得到的新生链未配对重复单位数目比模板链多。反之，如果未配对的重复单位位于模板链，则最终得到的新生链未配对重复单位数目比模板链少。 2.STR的特点 ⑴种类多、分布广，并按孟德尔共显性方式在人群中世代相传。在基因组中平均50kb就有一个重复序列，突变率低（ 0.04%）。 ⑵在人群中高度多态，其多态信息含量容量超过70%。其多态性表现为正常人群的不同个体某一基因位点重复序列的重复次数可不一样，同一个体的两个同源染色体上重复次数也可以不一样，即微卫星DNA拷贝数在人群中是可变的。 ⑶具有遗传连锁不平衡现象。 ⑷均可被转录，有些编码蛋白质，而另一些则位于非转译区的5′端和3′端不编码蛋白质。 ⑸属于不稳定的DNA序列，其数目在某些遗传病中有扩大现象，而这种扩增并非是减数