序列比较_02.ppt-山东大学课程中心3.0.ppt

然后，再次按住 Ctrl 键，把鼠标放在第51列的字母上，向左拖动到第49列。再用同样的方法，把原来的第52列向右拖动回原位。 如果只想移动选中的这一组序列中的一条序列，则按住 Shift 键再拖动即可。 4.6.4 多序列比对：编辑和发布 EMBL网站的Clustal工具 这个树 不是 真正的进化树！ 多序列比对：在线比对工具-Clustal EMBL网站的Clustal工具 转入另一个程序去进一步做真正的系统发生树。 多序列比对：在线比对工具-Clustal Red: 疏水的 Blue: 酸性的 Magenta: 碱性的 Green: 羟基+胺+碱性 Gray: 其他 EMBL网站的Clustal工具 多序列比对：在线比对工具-Clustal * 完全保守的一列，即，这一列的残基完全相同。 : 这一列的残基有大致相似的分子大小及相同亲疏水性，即这 一列残基或相同或相似。 . 在进化过程中，残基的分子大小及亲疏水性被一定程度上保 留了，但是有替换发生在不相似的残基间。 完全不保守的一列。 EMBL网站的ClustalW工具 4.6.3 多序列比对：在线比对工具 Tcoffee ：多序列比对工具，算法上与Clastal系列类似，准确度上比Clustal系列高，但计算耗时比Clustal系列略高。 http://tcoffee.crg.cat /Services/MolBio/t-coffee EMBnet /t_coffee.aspx CBSU http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee EBI http://toolkit.tuebingen.mpg.de/t_coffee Max-Planck http://tcoffee.vital-it.ch SIB rs-mrs.fr/Tcoffee/tcoffee_cgi/ index.cgi CNRS T-Coffee 镜像网站 多序列比对：在线比对工具-TCOFFEE http://tcoffee.crg.cat 给序列加入结构信息的多序列比对。 把多个比对工具的结果整合成一个。 专为穿膜蛋白打造的多序列比对。 专为远源序列打造的多序列比对。 http://tcoffee.crg.cat http://tcoffee.crg.cat http://tcoffee.crg.cat http://tcoffee.crg.cat 多序列比对：在线比对工具-TCOFFEE 如果要做比对的序列有结构信息的话（包括 未发表的非PDB里的结构），可以把这些结构的PDB文件上传。 多序列比对：在线比对工具-TCOFFEE 从这里指定哪个序列对应哪个PDB结构。已上传的结构会根据序列信息自动匹配是哪个序列，不需要列出。 或者偷个懒，自动给每条序列通过BLAST搜索自动到数据库中找序列水平上相似的结构。 多序列比对：在线比对工具-TCOFFEE 要算很久，留个email很必要！ 多序列比对：在线比对工具-TCOFFEE 多序列比对：在线比对工具-TCOFFEE 110 多序列比对：在线比对工具-TCOFFEE score_html file clustalw_aln file fasta_aln file phylip file 多序列比对：在线比对工具-TCOFFEE 在选择保存格式之前，需要问自己几个问题: 大多数软件都支持我要选的这个格式吗？ 我的同事们能使用我选的这个格式吗？ 这个格式能保存我所需要的所有信息吗？ 这个格式适合我进一步加工吗？ 如果比对工具输出的格式里没有我想要的哪种， 可以通过第三方软件进行格式转换，比如： fmtseq : http://evol.mcmaster.ca/Pise/5.a/fmtseq.html or /JaMBW/1/2 多序列比对：在线比对工具-TCOFFEE 到底保存哪个格式呢？ 为了能对多序列比对的结果进行彩色显示和手工编辑，人们开发了多序列比对结果编辑器。 Jalview是一个十分常用的编辑器。 编辑和发布多序列比对 4.6.4 多序列比对：编辑和发布 从EMBL ClustalW 多序列比对结果中快速启动JalView 但是快速启动的Jalview功能不全！ 编辑和发布多序列比对 4.6.4 多序列比对：编辑和发布 编辑和发布多序列比对 4.6.4 多序列比对：编辑和发布 / 编辑和发布多序列比对 4.6.4