Neuron语法.docx

NMODL语法 UNITS (mV) = (millivolt) (mA) = (milliamp) (S) = (siemens) DESCRIPTION NEURON{ SUFFIX ... RANGE ... GLOBAL ... NONSPECIFIC_CURRENT ... USEION ... READ ... WRITE ... VALENCE real POINT_PROCESS ... POINTER ... EXTERNAL ... } Suffix DESCRIPTION The suffix（后缀）, _name 能够附加在所有的变量，函数，和程序里。如果SUFFIX声明是缺省的，则以文件名作为后缀(以一个下划线字符作为添加)。如果有一个POINT_PROCESS声明，则这声明作为后缀。后缀能够防止名字的重载。在将来的某个时候我可能添加类似于访问声明的东西，对于特定机制它将允许省略后缀。注意这个后缀本身没有在模型描述文件里使用。如果后缀名是nothing，则对于变量函数程序没有明确的后缀声明在mod文件中。然后，这机制的名字将会是基本文件名。这是有用的如果你知道没有冲突的名字存在或者mod文件首先用来创建可随时偿还的函数，并且你想要准确地指定函数名。 Range DESCRIPTION 这些名字将成为范围变量。不要在这里加后缀。这些名字也应该在NEURON模块外部的标准的PARAMETER or ASSIGNED 声明中出现。Parameters不能出现在一个NEURON RANGE声明中将会变成全局变量。Assigned变量不能出现在这个声明中或者是NEURON GLOBAL声明中将会隐藏起来。当一个机制插入一个部分，这些范围变量的值在NEURON模块外部的标准PARAMETER声明中设置为指定的值。 Global DESCRIPTION 这些名字应该在别处声明为ASSIGNED or PARAMETER variables ，成为全局变量而不是局部变量。注意这里默认对PARAMETER variable变成全局变量然而默认对一个ASSIGNED variable 隐藏在用户层里。 Nonspecific_Current DESCRIPTION 这表示我们计算添加到总的膜电流的局部电流不会有助于任意的离子浓度。这个电流在任意SOLVE声明后但是在BREAKPOINT模块前应该被指定一个值。这个名字将会被隐藏在用户层除非它出现在一个里。 Useion DESCRIPTION 这个声明一个特异性离子种类将会用在模型里。这个内置的HH通道使用了na和k离子。不同模型处理相同的离子种类应该使用相同的名字以便所有的浓度和电流能够一致地计算。Na离子和na离子不一样。这个使用钙离子的例子模型称之为ca。如果一个离子声明了，假设为ion，那么一个单独的机制会在NEURON内部创建，表示为ion，不管“using”机制什么时候被插入，ion都将自动地插入。这个称为ion的机制变量由这离子携带的向外的总电流，iion；这个离子内部和外部浓度，ioni和iono；和这个离子的反转电位，eion。这些离子范围变量没有后缀。在 9/94 之前这个反转电位不会自动地从Nernst equation 计算，但如果使用了这个就不得不被用户设置或者在一些机制中被分配。离子浓度和反转电位的用法已经变得更自然而然地反映它们的生理学含义剩下的就是合理有效的计算。 这个新方法管理了反转电位和浓度关于GUI处理的行为（无论它们出现在PARAMETER, ASSIGNED, or STATE面板中；甚至它们出现在这所有这些面板中）以及什么时候这反转电位自动地使用Nernst方程从浓度计算。这个决定关于使用什么类型发生在一个每部分基础并且被嵌入在部分里的机制设置所决定。这个规则是通过引用函数ion_style()定义的。三种情况值得注意。 Read 假设只有一个模型插入这一部分。 USEION ca READ eca 然后eca将被作为一个PARAMETER 来看待，cai/cao 将不会出现在有gui创建的参数面板。 现在插入另一个模型在相同的部分有 USEION ca READ cai, cao 然后1）eca将会被“升为”一个ASSIGNED variable,2）cai/cao将会被作为一个不变的PARAMETERs，和3）eca将会被Nernst equation计算当finitialize() is called. Write 最后，插入一个最终模型在相同位置 USEION ca WRITE cai, cao 然后eca将仍然被看做一个ASSIGNED variable