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RasMol 2.7 显示1EQF A链三维结构 RasMol 2.7 RasMol 2.7的作者是GlaxoWellcome公司（世界第一大制药公司）研发中心的科学家Roger Sayle。 RasMol 2.7最大的特点是界面简单，基本操作简单，运行非常迅速，对机器的要求较低，对小的有机分子与大分子，如蛋白质、DNA或RNA 均能适用，且显示模式非常丰富。而且它程序短小，功能强大。尚无在功能上出其右者。其显示窗口可以很简单通过选择相应的菜单来显示分子的三维结构。 用命令行窗口，通过输入命令可以执行和显示复杂和要求极高的三维图形。 Cn3D 是由NCBI开发的用于观看蛋白质三维结构的软件，其设计的主要目的是为NCBI在其站点中的蛋白质结构数据库MMDB提供专业的结构观察软件， 主要的操作界面分为两个窗口，如右图所示，一个为结构窗口，另一个为序列窗口。 Cn3D 与其他的类似软件，其在结构观察方面主要功能上基本相似，但是图形格式上比Rasmol和Weblabview要差一些。 在与网络连接上，该软件能依托NCBI所建立的所建立的MMDB结构数据库，能直接根据输入的序列号从数据库中利用其内嵌的Entrez搜索引擎调出蛋白结构来进行观察，比其他软件要简便。 Cn3D 而Cn3D主要的特点是能够将两个蛋白放在一起直观地进行三维结构上的比较， Cn3D在结构比较方面也能利用其内嵌的Blast搜索引擎直接访问Genbank数据库找到具有局部相似性的结构数据，并在三维结构图中显示出二者具有相似性的结构区域。 10、 格式转换 各种软件为了自己软件的需要有不同的格式，对我们使用数据带来了困难；格式转换软件能帮助用户解决这一问题。 推荐软件：Seqverter 1.3 Seqverter 1.3 使用简单，填写输入文件和输出文件名就可以完成格式转换。 且能够转换的格式非常之多是其它软件所无法比拟的。 另外，它可在线升级以读写更多格式文件。 11、 电泳图谱分析 推荐软件：band leader 3.0 提供处理DNA或蛋白分子凝胶电泳图象和从凝胶电泳图象获得相关数据的工具。 它可以对电泳图谱进行半定量分析，识别扫描得到的WINDOWS图象格式 .BMP，是一个难得的好软件。 三、 实验结果输出阶段 1、?? 生成出版质量的图片Pov-Ray for Windows 3.1 相当于一种语言，它可以修改pov格式文件，用户还可以自己设定光源、摄像机、材质、阴影等因素，把生物分子的表面用材质填充；并根据光源、摄像机得到生物大分子的三维图。分辨率最大可达1280*1024。 同类软件：molmol 2.5.1该软件能将pdb等格式的蛋白文件通过转换，存成普通的图形文件。 向数据库递交序列的 Sequin 2.90 Sequin 2.90能向GenBank、EMBL、DDBJ三大核酸序列库递交序列。 可以不用仔细考虑各数据库文件的具体格式，以问答填表格的形式，将需递交的序列和相关资料填好。可以在线直接发送，也可以生成相应格式文件，以e-mail形式发送。 Digest DIGEST 能够扫描DNA序列并查找限制性内切酶位点. 它支持使用者限定搜索特定的酶,如果此酶在限制性酶切酶库文件WISCONSI.920中,它会列出酶切位置并对酶切片段按长度排序. 它使用Don Gilbert的读序模块UREADSEQ,所以读出大部分的序列文件格式。 PCMolecule PCMolecule 是观察三维分子结构的软件，能够观察以.mcm格式保存的三维分子。 Pcrare PC-Rare是应用八聚体频率出现的不一致性的方法（OFD）来设计PCR的引物，此程序简单而有效。 Redsoft Plasmid Redasoft Plasmid 的设计是用来帮助生命科学家快速而轻松地绘制专业级质量的质粒载体图。 软件主要性能包括：快速和轻松地生成一个清晰，色彩鲜明的环行或线性的载体图。自动识别和解析序列文件。 新增的web浏览功能允许你链接到数据库站点，并支持下载和自动将序列文件转换成载体图。强大的限制性内切酶分析功能和拥有将近1000种来自REBASE的限制性内切酶。 Redasoft Plasmid 片段的删除和插入完全模拟克隆实验并和其他图形兼容。 所看即所得 (What You See Is What You Get)的编辑环境使得你的打印结果和你在屏幕上看到的保持一致。 自动标记各种区段的碱基位置以避免重叠。 可选择的图形比例尺使几个构造图间很容易比较。允许质粒图拷贝到剪贴板并粘贴到其他Windows应用程序。 可以用e-mail的方式传递载体图。 TreeView Tree View是用