斑马鱼核纤层蛋白Lamins的生物信息学分析-中国试验动物信息网.PDF

２０１６年８月 中国实验动物学报 Ａｕｇｕｓｔ２０１６ 第２４ 卷　 第４ 期 ＡＣＴＡ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＩＵＭ ＡＮＩＭＡＬＩＳ ＳＣＩＥＮＴＩＡ ＳＩＮＩＣＡ Ｖｏｌ． ２４　 Ｎｏ． ４ 研究报告 斑马鱼核纤层蛋白Ｌａｍｉｎｓ 的生物信息学分析 １ １ １ ３ １，２，３，∗ ２，３，４ ∗ 张衡璐 ，黄惠敏 ，叶芝旭 ，王志华 ，何志旭 ，舒莉萍 （贵州医科大学 １．附属医院儿科学教研室；２．组织工程与干细胞实验中心； ３．免疫学教研室；４．动物实验中心，贵阳　 ５５０００４） 　 　 【摘要】　 目的　 了解斑马鱼核纤层蛋白（ｌａｍｉｎｓ）的重要遗传信息。 方法　 在ＵＣＳＣ、Ｖｅｇａ及Ｅｎｓｅｍｂｌｅ数据库 上收集了不同物种核纤层蛋白家族相关蛋白质序列，利用ＣｌｕｓｔａｌＸ工具进行分析，并用ＭＥＧＡ４０ 软件绘制进化 树；通过ＮＣＢＩ 网站上ＢＬＡＳＴ工具将斑马鱼核纤层蛋白的蛋白质序列与不同物种的相对应的蛋白质序列进行对 比，最后将人类、小鼠及斑马鱼的ｌａｍｉｎｓ基因信息，进行共线性分析。 结果　 对核纤层蛋白相关基因进行生物信息 学分析后显示斑马鱼的核纤层蛋白与人类的相似程度高，推断ｌｍｎａ、ｌｍｎｂ１和ｌｍｎｂ２基因在进化过程中高度保守。 结论　 编码斑马鱼ｌａｍｉｎｓ 的基因ｌｍｎａ、ｌｍｎｂ１和ｌｍｎｂ２ 等可能是人类ＬＭＮＡ、ＬＭＮＢ１和ＬＭＮＢ２ 等基因的直向同源 物。 【关键词】　 斑马鱼；核纤层蛋白；ｌｍｎａ基因；进化树；共线性分析 【中图分类号】 Ｑ９５⁃３３　 　 【文献标识码】 Ａ　 　 【文章编号】 １００５⁃４８４７（２０１６）０４⁃０３５１⁃０６ Ｄｏｉ：１０３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１００５－４８４７２０１６０４００４ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ｌａｍｉｎｓ ｆｒｏｍ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｓｐｅｃｉｅｓ １ １ １ ２ ＺＨＡＮＧ Ｈｅｎｇ⁃ｌｕ ，ＨＵＡＮＧ Ｈｕｉ⁃ｍｉｎ ，ＹＥ Ｚｈｉ⁃ｘｕ ，ＷＡＮＧＺｈｉ⁃ｈｕａ ， ＨＥ Ｚｈｉ⁃ｘｕ１，２，３，∗，ＳＨＵ Ｌｉ⁃ｐｉｎｇ２，３，４，∗ （１． Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｐｅｄｉａｔｒｉｃｓ，ｔｈｅＡｆｆｉｌｉａｔｅｄＨｏｓｐｉｔａｌ ｏｆ Ｇｕｉｚｈｏｕ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，２．ＳｔｅｍＣｅｌｌ ａｎｄＴｉｓｓｕｅＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｅｎｔｅｒ， ３．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，４． Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｎｔｅｒ，Ｇｕｉｚｈｏｕ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ