第三节__DNA多态性分型技术.ppt

rep-PCR-短重复序列 两者的共同特征是它们在细菌基因组中存在着菌株、种、属水平上的分布和拷贝数量的差异，而序列本身在进化过程中又具有较强的保守性。基于这两种短重复序列的PCR就成为rep-PCR的2个重要的技术 REP-PCR ERIC-PCR 两种短重复序列的特点及功能 REP序列 基因外重复回文序列（REP）又称回文单位，其结构特点是回文性质，其转录的mRNA有形成茎-环（stem-loop）结构的潜能。 REP家族序列由38bp构成，含有6个非常保守的位点及5bp构成的位于非常保守的回文臂之间的保守环。 REP家族序列广泛分布在大肠埃希菌和沙门菌基因组内。REP序列可以单独出现或增加为4个串联的重复单位。在E.coli的染色体上，存在500到1000个的REP串联重复单位，在沙门菌上REP串联重复单位约占基因组的1%。 REP序列的功能： 转录终止作用； 稳定mRNA； 在体内染色体区段的组织作用 rep-PCR-REP-PCR技术 根据REP这段高度保守的重复序列设计引物，扩增两段REP之间的片段，扩增产物的数量和片段长短的不同就直接反映了基因组DNA的差异，从而可对菌株进行分型和同源性分析，这就是rep-PCR技术中的REP-PCR技术。 ERIC序列 肠细菌基因间共有重复序列（ERIC）长约126bp，其中包含几个反向重复序列，具有非常保守的中央倒置重复区，转录后的mRNA形成茎-环结构。 当茎环结构中位于茎部位的一个碱基发生改变时，与其相对应的碱基也要发生相应的改变，从而保证二级结构的稳定。 ERIC序列的功能目前还不太清楚，在一些研究中，ERIC被认为： 可能有助于相邻基因的表达 也可能与细菌基因组局部区域的组织有关 或认为位于基因3’末端的ERIC可防止外切核酸 酶对基因3’末端的降解 ERIC序列的功能 依据ERIC重复序列设计引物，对细菌基因组DNA进行扩增，可产生DNA指纹图谱。在一定范围内，DNA迁延带的大小和多少代表着此重复序列间的距离和重复次数，因此，基因组DNA的差异可清晰地显示在指纹图谱上。 这就叫rep-PCR技术的ERIC-PCR技术。 rep-PCR-ERIC-PCR技术 DNA模板提取 设计引物 PCR扩增 琼脂糖凝胶电泳 结果分析 rep-PCR-操作流程 rep-PCR-应用 在李斯特菌种、株鉴定中的应用 在肠杆菌科细菌鉴定、分类中的应用 在其他菌株分类和鉴定中的应用 讨 论 1. 每种分析方法的优缺点 2. 请列出下段基因在AFLP技术中所使用的接头和引物,并详细列出连接示意图 5’-GGGCCC--------------------GAATTC-3’ 3’-CCCGGG--------------------CTTAAG-5’ Thanks ！ * 600bp 500bp 400bp 300bp 250bp 200bp 150bp 126bp 100bp 98bp Maker 1 2 3 图9 UCP2 PCR产物经BbvⅠ内切酶酶切后3.5%琼脂糖凝胶电泳结果 注：基因型为AA型:被酶解为98bp,1条带(第3泳道); 基因型为AV型:被酶解为126bp、98bp，2条带(第1泳道) 基因型为VV型:被酶解，仍为126bp l条带(第2泳道) A V V V AA DNA多态性分析常用的方法 限制性片段长度多态性分析 (RFLP) 扩增片段长度多态性分析技术 (