如何使用pbs提交作业-高性能计算.pdf

国家高性能计算中心（西安）PBS 提交作业使用指南 pbs pbs 如何使用ppbbss提交作业 1 串行任务提交 用户通过qsub命令来向系统提交任务，有两种方式提交：脚本方式和命令行方式。（一 般情况下，不允许root用户使用qsub命令提交作业） 1.1 脚本方式提交 用户将需要执行的程序或命令写入脚本中，再加入一些必要或者可选的语句，就可以通 过脚本方式提交。脚本提交比较方便，用户可以用最简单的文字编辑器（例如vi）编写一个 脚本，然后使用qsub命令提交该脚本，pbs会按照脚本内容执行相应的任务。脚本提交的不 足之处就是需要用户执行任务前编写脚本。 qsub [script_name] qsub [script_name] 脚本方式提交任务的一般格式为：qqssuubb [[ssccrriipptt__nnaammee]]，script_name 是任务脚本的名 称。 下面介绍pbs任务脚本的编写方法。 pbs任务脚本包括三部分： #!/bin/sh #!/bin/sh � shell 说明语句：用来说明用户使用的是哪种shell，例如 ##!!//bbiinn//sshh说明用户需要 使用Bourne shell，如果用户没有指定，则默认为 Bourne shell � pbs 指示语句：pbs 指示语句是用户用来请求任务运行时所需的资源或设置任务 #PBS #PBS–Ntaskname #PBS #PBS–Ntaskname 的一些属性的。以##PPBBSS开头，如##PPBBSS––NNttaasskknnaammee 是用来设置任务名称的。pbs 指示语句是可选的，用户可以不用关心它如何写，系统会自动设置。 � pbs 指示句的一个主要作用是请求任务执行时所需要的系统资源，如cpu 数 目，存储容量，运行时间，运行优先级等等。以脚本方式提交的任务的资源 #PBS–l[ =][ ] #PBS–l[ =][ ] 请求是通过pbs指示语句，一般格式为 ##PPBBSS––ll[[选项==]][[选项对应的值]]，如 #PBS–lncpus=5 #PBS–lncpus=5 ##PPBBSS––llnnccppuuss==55表示请求5个cpu 为之服务。系统资源如下表所示 资源 描述 举例 arch 所需要的系统结构，只用在资源块中 -larch=linux cput 任务的所有进程拥有的最大cpu 执行时间 -lcput=1:00:00 file 任务能够创建的文件的大小 -lfile=45mb host 指定执行主机的名称 -lnodes=X:host