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生 物 信 息 学 考 试 数据库论文翻译 题目：GOBASE: the organelle genome database （GOBASE:细胞器基因组数据库） 刘 凯 学 号：021401007 （山东大学生命科学学院 2002级 生命科学与技术基地班） 2005 年 6 月 核酸研究，2001，第29卷，第1期：128-132 ? 2001 牛津大学出版社 GOBASE:细胞器基因组数据库 Nelli Shimko, Lin Liu, B. Franz Lang and Gertraud Burger* Program in Evolutionary Biology, Canadian Institute for Advanced Research, Département de Biochimie, Université?de Montréal, 2900 Boulevard Edouard-Montpetit, Montréal, Québec, H3T 1J4, Canada 收到：2000年10月2日；接受：2000年10月17日 摘 要 GOBASE (http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/)是一个可以通过网络访问的生物学数据库，它在以下方面是独一无二的：将分类上覆盖很广的各种关于细胞器的生物学数据整合在一起，以及提供已被专家尽全力校正和完善的数据。目前我们主要关注线粒体数据。GOBASE包括所有已经发表的由线粒体基因组编码的核酸和蛋白质序列、经过筛选的由线粒体编码的RNA二级结构、全基因组遗传图谱、在数据库中出现其序列的物种的分类信息，以及重要原生真核生物的生物学描述。所有这些数据被整合和组织在一个正式的数据库结构中,它允许用生物学概念中固有的术语进行复杂的生物学检索。最重要的是，数据已经过确认、完善、校正和标准化，这是进行有意义的分析的一个先决条件。而且，对于缺少的关键数据，比如遗传图谱和RNA二级结构，则由GOBASE团队及其合作者补充到数据库中。这个数据库在数据库管理系统中得以实现，但又以www界面实现的生物数据的面向对象的外观为特征。最后，我们发展了用于数据库完善的软件（如数据更新，确认和校正），这将在这篇论文中做较为详细的介绍。 介 绍 生物背景：细胞器和它们的基因组 线粒体和叶绿体是被严格定义的，含有自身独特遗传物质的真核细胞的亚细胞组分（细胞器）。线粒体（mt）和叶绿体（cp）只编码一小部分参与细胞器翻译机制和呼吸/氧化磷酸化或者光合作用的细胞器组分。大部分的细胞器蛋白质是由核基因编码，在细胞质中翻译，并运输进细胞器的。(1)在某些物种中，一些结构RNA也是由细胞核编码而运入细胞器的。 线粒体和叶绿体的研究覆盖了多种主题。细胞器的细菌起源提出了一个进化问题，它关于从内共生细菌到亚细胞组分的转换，细胞器基因组和核基因组在功能上的和系统发生上的关系，以及细胞器基因组、基因和基因表达模式的多样性。尤其是快速进化的线粒体产生了大量迷人的分子机制，比如通过核苷酸删除、插入和修饰实现的RNA转录后编辑，以及前-信使RNA的反式剪接。从生物化学的角度看，研究主题包括细胞器在能量产生中的作用（如氧化磷酸化和光合作用），蛋白质运输的分子机制，多次跨膜的膜结合酶复合体的组装过程，蛋白质和RNA的二级和三级结构。另一个热点集中于线粒体在人类疾病中的作用，种群内线粒体基因组的遗传多样性和染色体外遗传的规律。这个显然不完全的主题列表表明了细胞器研究的多样性。 多年来，人们在进行大规模的细胞器全基因组测序方面做出了协调的努力，例如细胞器基因组百万测序项目[OGMP(2);http://megasun.bch.umontreal.ca/ogmpproj.html]，真菌线粒体基因组项目[FMGP (3); http://megasun.bch.umontreal.ca/People/lang/FMGP/FMGP.html]，以及线粒体基因组工作组[(4); /~jboore/index.html]。现在，在公共数据库上可以获得116个完整线粒体DNA和17个叶绿体DNA序列。除了病毒，细胞器DNA构成了最大规模的完全测序的基因组系列，这使它们成为比较基因组研究的理想材料。 现在可以获得的细胞器数据主要包括细胞器酶复合体结构的详细信息和它们的催化功能，蛋白质运输和包装途径，DNA复制和转录机制，超结构组件，以及基因组成和遗传。但是，这些数据广泛地分布于多种数据来源，比如书籍，杂志，论文和电子数据库，所以，即使对于本领域的专家，搜索相关信息也是十分困难和费时的。由于这些原因，一个充分组织和整合的数据库成为了能够利用这些难于使用的信息财富的关键。 细胞器数据的