3.5病理生理学病理生理学.pdf

05 直接药物设计 Ⅰ aa 直接药物设计 Ⅰ • 直接药物设计是指基于受体结构的药物设计 • Direct drug design = structure-based drug design (SBDD) • The structure of the target protein should be known. • The location of the active site should be known. 直接药物设计 Ⅰ 直接药物设计方法 F B D D 直接药物设计 Ⅰ 全新药物设计 （de novo drug design）基本流程 直接药物设计 Ⅰ 一、活性位点分析 active site analysis 程序： GRID LigBuilder EASYMIFs MCSS 直接药物设计 Ⅰ 二、分子对接 Molecular Docking 分子对接：将配体分子放 置到受体大分子的活性位 点中，预测小分子与受体 结合构象及作用能的过程 直接药物设计 Ⅰ • Docking is most often used to predict favorably docked complexes between a receptor and a ligand. • Given a drug-like molecule, will it fit into the binding site and is it predicted to bind better or worse than another molecule. 直接药物设计 Ⅰ 分子对接原理 根据几何匹配和能量匹配，寻找两个分子之间最佳相互作用模式 Receptor: enzyme, ion channel, antibody… Ligand: drug, peptide, antigen, polysaccharide… Receptor-