3.3病理生理学病理生理学.pdf

03 分子三维结构的 理论计算方法 aa 分子三维结构的理论计算方法 模建 药物2D-结构 3D-结构 结小 能量优化 构分 的子 药物3D-结构(晶 最低能量构象 构三 体或NMR) 固态或液态中构象 药效构象 间接药物设计 (基于药物 建维 结构的药物设计) 受体蛋白 序列比较 同源蛋白 蛋 一级结构 模建 白 三 维 受体3D-结构(晶 能量优化 受体3D-结构 受体药效构象 直接药物设计 (基于受体 结 体或NMR) 结构的药物设计) 构 的 构 复合物3D-结构 剥离药物 建 （晶体或NMR） SBDD中3D-结构的获得 分子三维结构的理论计算方法 理论计算方法 量子化学 划 QM/MM 分子力学 时 代 经 意 典 义 力 学 分子动力学 分子三维结构的理论计算方法 量子论 ——原子中的电子只能处于包含基态在内的定态上，电子在两个定态间跃迁改 变它的能量，同时辐射出一定波长的光，光的波长取决于定态之间的能量差。 量子力学 ——研究微观粒子运动规律的理论。用波函数描写粒子的运动状态，以薜定谔 方程 确定波函数的变化规律，并对各物理量进行计算。 量子化学 ——以量子力学的基本原理和方法来研究化学问题的学科。 可计算分子的各种参数，如分子结构、电子结构、系统总能量和各个轨道信息。 从头计算法 (Ab initio) 密度泛函方法 (DFT) 半经验计算法 (Semi-imperical) 分子三维结构的理论计算方法 从头计算法（ab initio methods） • 以基本物理常数以及元素的原子序数，不借助于任何经验参数，求解薜定谔 方程 (Schrōdinger Equation) ：Ĥψ(r) = E ψ(r) • 计算结果精度高，可靠性大，但是计算量极大，消耗计算机时太多 • 从头计算法的软件有Gaussian ，SPARTAN等 分子三维结构的理论计算方法 密度泛函方法（Density Function Theory, DFT） 用电子密度取代波函数做为研究的基本量，其将电子能量分为几个部分，动能、 电子-核相互作用、库仑排斥，以及其余部分的交换相关项，所有项只是电子密 度的函数。 半经验计算法（semiempirical methods） • 采用实验值