基于线粒体基因组的稻蝗属广布物种系统发育研究.pdf

目 录 中文摘 要I ABSTRACTIII 第一章文献综述1 1.1 斑腿蝗科稻蝗属的分类学研究1 1.1.1斑腿蝗科2 1.1.2 稻蝗属系统发育研究进展2 1.2 线粒体基因组介绍4 1.2.1动物线粒体DNA4 1.2.2 线粒体RNA 二级结构变化4 1.3 线粒体基因组学研究意义5 1.3.1线粒体基因组在系统发育研究的应用5 1.3.2 线粒体基因组应用于系统发育研究的优势5 1.3.3利用全线粒体基因组联合数据进行昆虫系统发育分析6 1.4 研究选题的目的及意义7 第二章 实验材料与方法9 2.1 实验材料9 2.1.1 标本的采集、保存与鉴定9 2.1.2 实验仪器12 2.1.3 实验试剂13 2.1.4 生物信息学数据分析软件13 2.2 实验方法13 2.2.1 基因组DNA 提取13 2.2.2 线粒体基因组的RT-PCR 扩增14 2.3PCR 扩增产物的序列的组装与注释15 2.3.1 测序数据处理和初步分析15 2.3.2 线粒体基因组的基因定位及注释15 2.3.3 二级结构的预测16 2.4 线粒体基因组系统发育分析16 第三章 结果分析和讨论19 3.1 小稻蝗线粒体基因组分析19 3.1.1基因组结构19 3.1.2 蛋白质编码基因和密码子使用频率21 3.1.3tRNA基因24 3.1.4rRNA基因25 3.2 中华稻蝗线粒体基因组分析25 3.2.1基因组结构25 3.2.2 蛋白质编码基因和密码子使用频率28 3.2.3tRNA基因31 3.2.4rRNA基因32 3.3 日本稻蝗32 3.3.1 基因组结构32 3.3.2 蛋白质编码基因和密码子使用频率35 3.3.3tRNA基因37 3.3.4rRNA基因39 3.4 赤胫伪稻蝗39 3.4.1基因组结构39 3.4.2 蛋白质编码基因和密码子使用频率41 3.4.3tRNA基因44 3.4.4rRNA基因45 3.5 系统发育分析45 第四章 小结49 参考文献51 攻读学位期间取得的研究成果56 致谢57 个人简况及联系方式58 承 诺 书59 学位论文使用授权声明60 Contents Abstract(inChinese)Ⅰ Abstract(inEnglish)Ⅲ Chapter1Literaturereview1 1.1AtaxonomicstudyontheCatantopidaeOxya1 1.1.1Catantopidae2 1.1.2AdvancesinphylogenyofOxya2 1.2Introductiontothemitochondrialgenome4 1.2.1AnimalmitochondrialDNA4 1.2.2MitochondrialRNAsecondarystructurechanges4 1.3SignificanceofMitochondrialGenomicsResearch5 1.3.1Applicationofmitochondrialgenomeinphylogeneticresearch5 1.3.2Advantagesofmitochondrialgenomeinphylogeneticresearch5 1.3.3Insectphylogeneticanalysisusingcombinedmitochondrialgenomedata6 1.4Thepurposeandsignificanceofthetopic7 Chapter2Experimentalmaterialsandmethods 9