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原来测序时的 barcode有那么多用法
前段时间第一次拿到 200多个群体的测序数据,准备对
这些数据剖析,然后就遇到自己以前剖析几个样本不会遇到
的问题:illumina平台一次上时机得到好几个 T的数据,公
司是怎样保证不会把数据给错用户呢?其实答案我也知道,
就是给不同样本加上barcode,可是我没想到的是barcode居然有那么多组合方式。barcode虽然能够简单分为两种,如下inlinebarcode:出现在一条read的碱基序列中indexbarcode:出现在一条read的ID部分可是在reads中出现的花式就特别多了,能够只在一端read中出现Inlinebarcode(图一),或在一端read中出现indexbarcode(图二),也能够在一端read中同时有inlinebarcode和indexbarcode(图三),也能够在一端有inlinebarcode加indexbarcode,在另一端只有indexbarcode(图四),以及在两头都只有indexbarcode(图五),最后是在两头都有inlinebarcode(图六)图一:SE|PEsingleinlinebarcode图二:SE|PEsingleindexbarcode图三:SEinlinebarcode+indexbarcode图四:PEinlinebarcode+indexbarcode图五:PEindexbarcode图六:PEinlinebarcode
虽然有那么多加 barcode的策略,但其实本质上是两种标记
策略。自然还有一种策略就是你承包一条lane,这样子你就不需要加barcode,也就是图A。图B中的Barcode就是inline
code,它在接头的 5端即测序引物那部分上,和 DNA片段
周边,在测序的时候,加入引物,然后一边合成一边测序,
于是在最后的序列中就会引入 barcode。图C的Index是index
barcode,在接头的 3端,测序的时候也是先加第一个引物
(SP1),然后一边合成一边测序,等读完之后,再加入第二个
引物(IP2)去测index的部分,对样本进行区分,因此不会占
用读长。barcodeRd:read,短读SP:sequencingprimers,测
序引物如果样本比较小,也就是十几个,企业会用 index
barcode,得到的read长度都是100或150。如果样本有上百
个,企业就考虑用 inlinebarcode,如果返回的是分开样本的
fastq,那么长度就不到 150,100,因为去掉了 inlinebarcode。
最后介绍观看这个视频,生信剖析者必须懂点测序原理! !
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