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Previouslecuture;Lect9PhylogeneticAnalysis;Goalofthelecturetoday;Whatisevolution?;OntheOriginofSpeciesByMeansofNaturalSelection;Evolution,phylogeny
andphylogeneticanalysis;Goalsofmolecularphylogeny;Wasthequagga(nowextinct)morelikeazebraorahorse?;生物学经典分类方法;系统发育分析使用的“特征〞;;Molecularphylogenetics;Goalofthelecturetoday;;同源物的三种形式;Atypicalbifurcatingphylogenetictree;Atypicalbifurcatingphylogenetictree;Treetopology;;Treeroots;Outgrouprooting;Molecularclock;Gene/proteintreesvs.Speciestrees;*;*;Phylogramandcladogram
系统发育图与进化分支图;Nomeaningtothe
Spacing(间隔)betweenthe
taxa,ortotheorderin
whichtheyappearfrom
toptobottom.;Phylogram
(valuesare
proportional
tobranch
lengths);Cladogram
(valuesarenot
proportional
tobranch
lengths);Rectangular
phylogram
(valuesare
proportional
tobranch
lengths);Rectangular
cladogram
(valuesarenot
proportional
tobranch
lengths);Newickformat;Whyfindingatruetreeisdifficult;Therearethreepossibleunrootedtreesforfourtaxa(A,B,C,D);Numbersoftrees;Enumeratingtrees(枚举树);Goalofthelecturetoday;Step1.selectingsequences;某些情况下，研究DNA能够比研究蛋白质获得更丰富的信息;Synonymoussubstitutions(nucleotidesinred)and
nonsynonymoussubstitutions(redarrowheads)inglobins;人和马的RBP编码蛋白局部核苷酸比对情况，其中可观察到的错配是3个，但参考其祖先序列并分析这两个序列，事实上此区域内的突变事件远不止三个。;与假设的原始祖先序列相比，除了单核苷酸替换，连续性替换及巧合性替换三种突变外，平行的、趋同的、回复的突变都不能被直接观察到。;大多数情况下使用蛋白质序列;Tipsforsequencesselectioninmakingaphylogenetictree;Step2.multiplesequencealignment;进行多序列比对时，要注意;1、仔细检查所有参加多重比对的序列，确保其中所有的序列都是同源的。〔方法：判断序列之间的距离，PairWisealignment,BLAST,观察E值的大小及比对区域的长短。〕如果发现非同源序列，应将其从多重比对中移除。
2、某些序列的完整性不可知时，omrbp(虹鳟鱼〕和btrtb〔牛〕的RBP序列没有起始的蛋氨酸。在系统分析时应严格限制多重比对在每一研究对象中都可获得的那局部序列中。
3、此多序列比对中，有些位点的变化将4种鱼类与其他物种分隔开来。箭头3、6、8、11，而有些位点鱼和两栖类是一致的，如箭头7，10。;Step3.choosingasubstitutionmodelorevolutionarymodel;Homologyvs.Homoplasy;Nucleotidesubstitutionmodel;Nucleotidesubstitutionmodel;Typesofnucleotidesubstitution;Nucleotidesubsti
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