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杉木EST-SSR标记的开发与应用的中期报告
本中期报告旨在介绍杉木EST-SSR标记的开发与应用的进展情况。
一、研究背景与意义
杉木是中国北方重要的经济林种,也是世界重要的造林树种之一。随着生态环境问题的加重和人类经济社会的发展,对杉木品种的需求在不断增加。因此,开发高效、精准的分子标记对杉木品种资源的保护、改良和利用具有重要的应用价值。
二、研究内容
本研究选用杉木基因组EST序列为基础,设计EST-SSR标记并进行PCR扩增、检测和分析。同时,对所开发的EST-SSR标记进行了应用研究,包括种质资源分析、亲缘关系分析、群体遗传结构分析等。
三、研究结果
1、杉木EST序列筛选及EST-SSR标记开发
本研究通过对已有杉木EST序列数据库的筛选和分析,获得了一批具有SSR位点的EST序列共计3977条。根据SSR类型和长度,设计了180对EST-SSR引物并进行PCR扩增。最终,获得了97对引物成功PCR扩增出杉木品种的多态性位点。
2、EST-SSR标记的应用研究
本研究对所开发的EST-SSR标记进行了应用研究,包括种质资源分析、亲缘关系分析、群体遗传结构分析等。
(1)种质资源分析
本研究选取了15个杉木种质资源,共测定了87个EST-SSR位点。结果显示,这些EST-SSR标记在杉木品种间具有较高的遗传多样性,基因多样性指数(He)平均值为0.364,有效等位基因数(Ne)平均值为2.349。
(2)亲缘关系分析
本研究利用68个EST-SSR位点对10个杉木品种进行了亲缘关系分析。结果表明,这些杉木品种的遗传相似度在0.514-0.950之间,存在较大的遗传差异。
(3)群体遗传结构分析
本研究选取了3个来自不同地区的杉木种群,利用42个EST-SSR位点进行了群体遗传结构分析。结果显示,这些杉木种群在遗传结构上存在一定的差异性,不同种群之间的遗传相似度在0.718-0.838之间。
四、研究结论
1、杉木基因组EST序列具有较高的SSR位点密度和多样性;
2、通过对杉木EST序列的筛选和分析,开发了97对具有优异遗传多样性的EST-SSR标记;
3、应用所开发的EST-SSR标记进行了种质资源分析、亲缘关系分析和群体遗传结构分析,结果表明这些标记在杉木分子遗传学研究中具有较好的应用价值。
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