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客户写英文文章时参考，分析内容和方法请以结题报告为准
——转录调控研究部
Methods
Samplecollectionandpreparation
ØRNAisolation
ØRNAficationandqualification
ØTranscriptomesamplepreparationforsequencing
ØClusteringandsequencing
Dataysis
ØQualitycontrol
Rawdata(rawreads)offastqformatwerefirstlyprocessedthroughin-house
perlscripts.Inthisstep,cleandata(cleanreads)wereobtainedbyremoving
readscontainingadapter,readscontainingploy-Nandlowqualityreadsfrom
rawdata.Atthesametime,Q20,Q30,GCcontentandsequenceduplication
levelofthecleandatawerecalculated.Allthedownstreamyseswere
basedonthecleandatawithhighquality.
ØReadsmaptothereferencegenome
Referencegenomeandgenemodelannotationfilesweredownloadedfrom
genomewebsite(http://)directly.Indexofthereferencegenomewasbuilt
usingBowtiev2.0.6andpaired-endcleanreadswerealignedtothereference
genomeusingTopHatv2.0.7.WeselectedTopHatasthemaptoolfor
thatTopHatcangenerateadatabaseofsplicejunctionsbasedonthegene
modelannotationfileandthusabettermapresultthanothernon-splice
maptools.
ØQuatificationofgeneexpressionlevel
HTSeqv0.5.3wasusedtocountthereadsnumbersmappedtoeachgene.
AndthenRPKMofeachgenewascalculatedbasedonthelengthofthegene
andreadscountmappedtothisgene.RPKM,ReadsPerKilobaseofexon
modelperMillionmappedreads,considerstheeffectofsequenc
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