SARS-CoV-2流行趋势和关键突变实时监测自动化工具开发与应用.docx

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2024-05-12 发布于河北
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本文介绍了一种能够实时监控新型冠状病毒SARSCoV2关键突变位点及流行趋势的自动化工具开发与应用该工具集全面的基因组序列所有突变检测关键突变位点筛选单倍型分型以及单倍型流行趋势分析等功能通过使用AutoVEM自动化工具进行了大规模的样本数据分析此外我们还揭示了新冠病毒在感染和传播过程中的关键变异特征揭示了如何通过精准接种和严格管理来防止病毒的迅速蔓延

SARS-CoV-2流行趋势和关键突变实时监测自动化工具开发与应用

摘要

随着新型冠状病毒（SARS-CoV-2）在全球范围内的大流行，实时高效监测新型冠状病毒的突变、关键突变位点以及单倍型流行趋势对于更新治疗药物、改进检测方法以及开发针对新型冠状病毒的疫苗具有非常重要的意义。在本研究中，我们利用Python语言整合了Bowtie2、SAMtools、BCFtools、VCFtools、Haploview五个工具，开发了一个实时监测新型冠状病毒关键突变位点及流行趋势的自动化工具——AutoVEM。AutoVEM综合了基因组序列全部突变检测、关键突变位点筛选、单倍型分型以及单倍型流行趋势分