PrimerPremier概述.ppt

* Primer Premier 5.0 的安装及使用 1.网络搜索 在常用的搜索网站里（如baidu、google）输入Primer Premier 5.0，可以搜索到相当多的网站提供Primer Premier 5.0下载。 一、Primer Premier 5.0的安装 Crack.txt Primer Keyen. exe Primer V5. exe Primer Premier 5.0 Primer Premier 5.0 下载后一般是rar格式 解压缩后得到 文件夹内包含以下内容： Primer Premier 5.0主程序 Primer Premier 5.0注册机 注册说明文件 2.下载的内容 双击 出现 安装准备阶段中 安装准备完成 3.安装过程 点击Yes按钮 安装界面 软件服务 协议条款 选择安装目录 点击Next按钮 安装界面 安装界面 主程序安装完成 点击finish按钮 单击“开始” 选择“所有程序” 单击 找到 Primer Premier 5.0 ， 单击打开 Primer Premier 5.0 主程序 4.程序的注册 Primer Premier 5.0的界面 未注册版是不能正常使用 单击此按钮 Primer Premier 5.0的界面 出现Activate Product 窗口， 记住Machine ID 双击文件夹内的 出现下面的窗口 将Machine ID 输入 单击Generate 获得Activation Key Primer Premier 5.0的界面 将获得 Activation Key输入 点击OK按钮 Primer Premier 5.0安装即将完成界面 点击OK按钮 Primer Premier 5.0安装成界面 现在，整个安装过程已经完成了。 可以正常使用Primer Premier 5.0了 二、Premier的主要功能： Premier 的主要功能分四大块，其中有三 种功能较常用，即引物设计 ( ) ，限 制酶切点分析 ( ) ，基元查找 ( ) 。 另个功能是同源性分析（ ），并非 Premier 的特长，在此略过。该软件还有 别的一些功能，如序列 “ 朗读 ” ， DNA 与蛋白序列的互换（ ） 1.打开Primer Premier 5.0 输入新的序列一般用两种方式：a.通过复制、粘贴方式 点击Yes按钮 完成序列 的输入 点击在file菜单下的New里的DNA Squence 在此窗口用过Ctral+V把序列复制、粘贴到窗口中 点击此按钮进行引物设计 b.打开以存储好的文件 点击在file菜单下的 Open里的DNA Squence 选择已存储好 的序列文件 Primer Premier 5.0 所示别的文件格式 常用的为：.seq 选择好以后点OK 点击此按钮进行引物设计 第三层是显示两个引物的各种参数，包括给引物的打分，引物以及产物的起始位置、长度、Tm值、GC％消光系数、简并性； 该界面共分为四层，最上面一层左面是5个控制按钮，用于实现引物设计中的各种功能，包括引物自动寻找，寻找结果查看和引物编辑；右边是观察两个引物在模板上结合位置的直观图以及对正链还是负链引物进行选择； 第二层是显示模板和引物序列及二者间的配对情况的显示； 最后一层是给出的有关于引物的二聚体结构、发卡结构、错配情况和引物间二聚体结构的预测，左边是显示是否存在以上各种对PCR扩增有影响的结构，右边显示的是这些结构的位置，结构细节和稳定能，利用这些参数可以对引物作出可靠的评价。 点击Search按钮 查询种类 查询类型 查询设定 上游引物位置 下游引物位置 产物大小 引物长度 查询模式 点击此按钮出现详细设置 模板序列寻找引物的界面，在该界面中可以设定所要搜索的引物的类型，包括PCR引物，测序引物和杂交探针以及引物所在的链；另外也能设定搜索引物的范围，以及最终PCR产物的长度和引物的长度等。 参数包括引物的Tm值，GC比，有简并性碱基，3’端稳定性，引物的稳定性，重复序列，二聚体/发卡结构和与模板及可能的杂质DNA之间的错配情况，根据要求变化，程序本身根据一定的标准分成从极高严谨性到极低严谨性5个档次。 该程序对引物的自动搜索过程是采用的排除法，根据用户设定的引物范围和产物长度所规定区域内，所有的符合设定的引物长度的寡核苷酸都被视为可能的引物，然后根据以上各个参数逐步去除不符合条件的寡核苷酸，经过这种层层剔除的筛选，最终找到符合用户所设定标准的引物，如果找不到合适的引物可以逐步降低要求来进行进一步搜寻。 设置完成后点击OK 设置完成后点击OK * * *