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包含飞 翻译整理 上海中医药大学 中医药信息学-标准化研究室 200032 利用蛋白质-蛋白质相互作用的 数据，蛋白质配偶的特性来分 类蛋白质 对2709种公开发表的酵母菌 Saccharomyces cerevisiae的蛋白质之间的相互作用进行综合分析，建立了 1538种蛋白质之间的2358种相互作用的 统一的大型网络。 根据蛋白质的相互作用的配偶的已知功能把2709种可能的功能判归给蛋白质。 此方法正确地为72%的1393种有不止一个已知功能的配对者的特征化蛋白质推测了一个功能种类，也用来推测364种以前的未特征化的蛋白质的功能。 通过这种方法，网络能准确的推测72% 的至少带有一个特征性配对者的1393种 特征性蛋白质。 表1 从蛋白质-蛋白质相互作用预测蛋白质功能与用结合算法（combined algorithm）预测蛋白质功能的比较 蛋白质 从蛋白质相互作用推测 Marcotte等人的推测 YNR053C RNA处理/修饰(5/5) 转录,细胞组建,核组建, RNA接合(5/5) mRNA转录, mRNA接合 (e: 3, p: 1) BIR1 细胞周期控制(2/4) - CNS1 细胞张力(2/3)，蛋白质折叠(2/3) 细胞组建,核组建(p:33) YGL161C 小泡运输(2/3)，细胞膜融合(2/3) - YIP3 小泡运输(3/3) - YMR322C 细胞张力(3/3) - YPR105C 小泡运输(2/3) - AIP2 细胞极性(2/2) 细胞组建, 碳水化合物利用, 碳水化合物代谢, 新陈代谢, 发酵; 能量(e:2,p:4) DUO1 有丝分裂(2/4) - EBS1 碳水化合物新陈代谢(2/5) - FPR4 蛋白质合成(2/3) 细胞组建，转录，核组建 (e:1,two:2) GIP2 有丝分裂(2/2) - ISA1 蛋白质合成(2/2) 氮硫利用,代谢,氮硫代谢 (p:2) RDI1
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