生物信息数据处理系统研究.pdfVIP

计算机科学2004v01．31№．10(增刊) 生物信息数据处理系统研究¨ A of Data Study System BiologicalPr。cessing 朱扬勇1’2 邓绪斌1 (复旦大学计算机与信息技术系 上海200433)1(上海生物信息技术研究中心上海z01203)2 AbsIract and on data，the statusofbloiⅡformaticssoft— operations present Byanalyzh培thespecialities biological a wareandthereasonthat DBMSisnot80 to dataastoconventional口nes-we appllcable propose present blologlcal a framew口rkfor dat8 anddiscnssethe res鼬MhesfDr snch s妒嘲n necessa。y 5ysteJn， bi。logicalproc郫si“g bu“di“g at thebaslc on dataand abasislor 8n aimingsupporti“g operationsbioI。g记al providI“g bundingexPandablebi。109— icaIdat8 proce8si“gpIatform。 KeywordsDBMs，B诂logicaldata，S8quencealignfn亡nt 2．2生物序列数据的基本操作 1引言 目前，生物序列数据的基本操作主要有：序列比 人类基因组计划的初步完成引发了生命科学研 对、特征段搜索和序列拼接等，其中序列比对是提高 究的新进展，导致各种异构生物信息数据迅速产生。 生物分析效率和精度的关键。下面仅就序列比对的 生物信息数据的整合问题已成为生物信息学研究的 历史、现状和发展趋势作简单介绍。 急迫问题[13和计算机界研究的热点o’3]。 2．2．1序列比对的历史、现状和发展趋势传 生物信息学的基础包含生物数据库和生物分析 统序列比对可追溯到上世纪70年代，其目的是通过 软件两部分。科学定义，规范开发的生物分析软件是 将查询序列与数据库主序列进行比较，找出相似的 提升生物信息学研究水平的关键。生物分析的特点 主序列，从而确定查询序列是否为新发现的序列(数 是需求的易变性。然而，由于缺乏统一的可扩充开发 据库搜索)，或者根据主序列的结构和功能特征推断 平台．人们只能按短期需求开发软件，造成目前上千 查询序列的结构和功能特征(两两比对)。基本方法 种功能相近、数据格式各异的生物分析软件并存的 是根据给定的相似矩阵和空位罚分规则，考虑可能 混